Molecular Dynamics (MD) adalah metode komputasi yang digunakan untuk mempelajari pergerakan atom dan molekul dalam suatu sistem. Workshop ini akan membahas dasar-dasar simulasi MD serta penggunaan perangkat lunak GROMACS, salah satu tools paling populer untuk melakukan simulasi skala atom.

Peserta akan diperkenalkan pada konsep dasar Molecular Dynamics dan prinsip kerja GROMACS. Selanjutnya, mereka akan belajar cara menyiapkan sistem simulasi, termasuk pemilihan model molekuler, parameterisasi, dan konfigurasi awal. Setelah itu, peserta akan menjalankan simulasi dan memahami berbagai tahapan dalam workflow MD. Akhirnya, workshop ini akan membahas bagaimana melakukan analisis hasil simulasi untuk mendapatkan wawasan yang bermakna dari data yang dihasilkan.

Workshop ini dirancang agar peserta mendapatkan pengalaman langsung melalui sesi hands-on. Dengan mengikuti kursus ini, peserta akan memperoleh pemahaman praktis tentang bagaimana menerapkan GROMACS dalam studi biofisika dan bioinformatika.

Cocok untuk mahasiswa, peneliti, dan profesional yang ingin memanfaatkan Molecular Dynamics dalam risetnya. Pemahaman dasar tentang kimia atau bioinformatika akan membantu, tetapi tidak wajib.

• Pengantar Molecular Dynamics & GROMACS

• Persiapan Sistem untuk Simulasi Molecular Dynamics

• Menjalankan Simulasi Molecular Dynamics

• Analisis Hasil Simulasi Molecular Dynamics