Protein tidak pernah bekerja sendirian — hampir setiap proses biologis di dalam sel bergantung pada protein–protein interactions (PPI). Memahami bagaimana protein saling berinteraksi menjadi langkah penting dalam menjelaskan mekanisme penyakit, menemukan target obat baru, hingga merancang terapi berbasis molekul. Course “Understanding Protein–Protein Interactions: from Wet-lab to Computational Studies” ini dirancang untuk memberikan gambaran menyeluruh tentang bagaimana interaksi protein dapat dipelajari, dimulai dari hasil eksperimen laboratorium hingga analisis komputasional yang mendalam.

Course ini dimulai dengan bagaimana protein structures dipersiapkan dan dikonversi dari data hasil eksperimen wet-lab ke format yang dapat dianalisis secara in silico. Peserta kemudian akan mempelajari fundamentals of protein–protein interactions, termasuk jenis-jenis interaksi, gaya-gaya fisik yang terlibat, serta signifikansi biologisnya dalam konteks sistem seluler. Setelah memahami konsep dasar, peserta akan diajak untuk mengenal dan mempraktikkan protein–protein docking, yaitu simulasi komputasi untuk memprediksi bagaimana dua protein berinteraksi secara spasial.

Tahapan berikutnya membahas interaction fingerprint analysis, teknik untuk mengidentifikasi pola interaksi spesifik antarresidu yang menentukan kestabilan kompleks protein. Analisis ini dilengkapi dengan eksplorasi Protein Contact Atlas (PCA) — sebuah sumber data visual interaksi protein yang membantu memahami jaringan kontak antarresidu dengan lebih intuitif. Sebagai penutup, peserta akan melihat bagaimana seluruh pendekatan ini diterapkan dalam berbagai konteks riset modern melalui research applications of protein–protein interaction analysis, termasuk dalam penemuan obat, bioteknologi, dan desain protein sintetik.

Course ini sangat sesuai bagi mahasiswa, peneliti, dan profesional yang ingin memperluas pemahaman mereka tentang biologi molekuler dan bioinformatika, terutama dalam integrasi antara data eksperimen dan pendekatan komputasi untuk mengungkap dinamika interaksi protein di tingkat molekuler.

- Preparing Protein Structures From Laboratory to Computation
- Fundamentals of Protein–Protein Interactions
- Protein–Protein Docking
- Interaction Fingerprint Analysis
- Protein Contact Atlas (PCA)
- Research Applications of Protein–Protein Interaction Analysis