Course Overview
Course “Pangenome & Comparative Genomics” ini dirancang untuk memberikan pemahaman komprehensif mengenai bagaimana variasi genom antar organisme dapat dianalisis secara sistematis untuk mengungkap struktur, fungsi, dan evolusi genom. Sesi teori akan membahas konsep fundamental comparative genomics, mulai dari pengenalan jenis dan sumber data genom, konsep pangenome, hingga strategi genome annotation yang diperlukan untuk analisis komparatif. Peserta juga akan mempelajari alur kerja umum dalam comparative genomics, metode penentuan orthology serta gene clustering, konstruksi pangenome, dan berbagai pendekatan analisis komparatif yang digunakan untuk mengidentifikasi perbedaan maupun karakteristik konservatif antar genom. Selain itu, akan diperkenalkan teknik visualisasi untuk memudahkan interpretasi hasil analisis.
Pada sesi praktikum, peserta akan berlatih langsung mulai dari pemeriksaan input data genom dan anotasinya, melakukan pangenome construction, memvisualisasikan komponen pangenome, hingga menjalankan analisis comparative genomics secara menyeluruh. Melalui kombinasi teori dan praktikum ini, peserta diharapkan mampu memahami prinsip-prinsip inti comparative genomics dan mengaplikasikan metode pangenome analysis dalam berbagai studi biologi molekuler, evolusi, maupun bioteknologi.
Sub-topics
Theoretical Session: Introduction to Comparative Genomics, Genome Data Types & Sources, Pangenome Concepts, Genome Annotation for Comparative Analysis, Overview of Comparative Genomics Workflows, Orthology & Gene Clustering Methods, Pangenome Construction & Analysis, Comparative Genomics Analyses, Visualization Techniques
Hands-On Session: Genome Input & Annotation Check, Pangenome Construction, Pangenome Visualization, Comparative Genomics Analysis
Course Components
Video
Modul
Whatsapp Group